Para listar os processos classificados pelo uso de memória
ps --sort -rss -eo pid,pmem,rss,vsz,comm
Mais informações aqui: how-to-detect-a-memory-leak
O servidor está eliminando processos para liberar memória, isso é o que acontece quando todas as páginas virtuais são alocadas (swap + ram). Se possível, o melhor seria reiniciar o servidor para que todos os serviços interrompidos fossem reiniciados e sem memória.
Mais informações aqui: Depurar falta de memória com / var / log / messages
Editar:
May 8 03:53:21 bwnet kernel: [5088999.370529] Free swap = 0kB
May 8 03:53:21 bwnet kernel: [5088999.370530] Total swap = 0kB
Lendo seus registros, parece que você não tem swap. Você pode alocar alguns, o que permitirá que você gerencie o problema antes que ele se torne crítico.