Seu sistema não possui o pacote indicator-appmenu . Sem esse pacote, você não obterá o menu do aplicativo na barra de título da sessão do Unity.
E a reinstalação do pacote ubuntu-desktop não estava corrigindo o problema porque, por algum motivo desconhecido, este pacote não foi incluído na lista de dependências de ubuntu-desktop package for 16.04 (Você pode verificar usando o comando apt-cache depends ubuntu-desktop ) .
Então, para corrigir o problema, instale o pacote com este comando
sudo apt-get install indicator-appmenu