13.10 +:
Instale e use gnome-tweak-tool
> Typing
, como apontado por @ JeremyBicha nos comentários a esta resposta.
Pré 13.10:
Abra a caixa de diálogo Preferências do teclado ( System -> Preferences -> Keyboard
). Na guia Layout, clique no botão Options...
. Expanda a seção Ctrl key position
e selecione Swap Ctrl and Caps Lock
.
Essas configurações devem ser aplicadas sempre que você fizer login e afetarão apenas sua conta de usuário.