Contanto que você tenha 16.04 (e depois 16.10, 17.04, etc quando eles saírem), você não precisa instalar nada para a Intel. Os drivers são de código aberto ou Intel permite que o Ubuntu os inclua na instalação. Na maioria das vezes, a Intel trabalha OOTB.
Quanto ao desempenho, bem, isso é um pouco mais complicado. O 4600 deve ser suficiente para o GNOME (e até mesmo para o KDE), navegação normal na web, vídeos e alguns jogos de baixa potência. Não será tão bom quanto o 980 em termos de desempenho, mas se você não for um jogador sério, você se dará bem com a Intel.
Se você fizer o jogo, não venda o cartão. Os gráficos da Intel são ótimos para o trabalho, mas não tanto para o jogo. Minecraft vai ficar bem na Intel (não ótimo, mas OK), mas algo como Deus Ex pode não ser tão bom.
Talvez você faça algo entre: alguns jogos de baixa potência e trabalho. Nesse caso, compre uma placa NVIDIA de baixo desempenho (NÃO pegue a AMD) e venda a 980.