Eu tive alguns problemas como este com várias coisas. Acho que a melhor maneira de corrigir isso é escrever um pequeno script de shell e colocá-lo em ~/bin
.
Veja o que eu fiz para o Nexuiz (que tinha alguns problemas de caminho):
#!/bin/bash
cd ~/Nexuiz
./nexuiz-linux-x86_64-sdl
Você obviamente não quer aquele caminho ou aquele executável, mas basicamente cd
para o lugar certo e então o executa.
Não se esqueça de chmod +x
do script. E então basta que o seu lançador chame o script.
Seu script deve ficar assim:
#!/bin/bash
cd /home/will/Machinarium
./Machinarium