Por favor, não use mais o Wubi. Foi descontinuado há cerca de 3 anos. Em vez disso, grave o Ubuntu ISO em um DVD ou USB a partir do Windows e instale o Ubuntu inicializando-o.
Como você instalou o Ubuntu usando o Wubi, desinstale-o novamente da mesma maneira, ou seja, desinstale-o no Painel de Controle do Windows.
Agora, inicialize o USB ou DVD criado e instale o Ubuntu de lá usando o particionamento manual ou a opção "Alongside Windows".
EDIT: Para voltar ao Windows, tente abrir o menu GRUB2 (gerenciador de inicialização do Ubuntu) pressionando ↑ Shift durante a inicialização. Se isso não funcionar, pressione Ctrl + Alt + Del quando a mensagem de erro for mostrada. Ele deve reiniciar e levar você ao menu de inicialização.
Se a entrada do Windows for mostrada no menu, basta selecionar e inicializá-la. Pode estar escondido em algo como "Outros sistemas operacionais". Se não estiver lá, pressione C para ir ao shell do GRUB. Agora execute o seguinte comando:
chainload (hd0,0)+1
Isso permitirá que o GRUB carregue o primeiro setor da primeira partição do disco principal, provavelmente onde o Windows está instalado. Se não funcionar, use o comando ls para obter uma lista de partições e tente encadear cada uma delas usando o comando acima. Se você conseguir inicializar o Windows, desinstale imediatamente o Ubuntu usando o método descrito acima, que deve restabelecer o gerenciador de inicialização do Windows.
Se tudo isso falhar e você não conseguir recuperar o Windows, inicialize um disco de instalação do Windows (Vista ou posterior) e execute o utilitário de reparo de inicialização. Isso deve restabelecer o carregador de inicialização do Windows.