Clementine e VLC são aplicativos Qt, e Numix é um tema GTK, então você precisa dizer aos aplicativos Qt para usar os temas GTK. Isso pode ser feito instalando 'qt4-qtconfig'.
sudo apt-get install qt4-qtconfig
Em seguida, encontre o aplicativo em seu menu chamado "Configurações do Qt 4" e execute-o.
Em "Qt 4 Settings", onde diz "GUI Style - Selecione GUI Style:", escolha "GTK +" no menu suspenso. Em seguida, clique em Arquivo no menu e, em seguida, em Salvar.
O VLC e o Clementine agora devem ter o tema apropriado. Você pode precisar reiniciar os aplicativos para que as alterações do tema entrem em vigor.