Basta remover o arquivo /etc/apt/sources.list.d/xenial-partner.list
e terminar com os erros.
sudo rm /etc/apt/sources.list.d/xenial-partner.list
É onde seus erros de entrada dupla se originam, você tem as duas linhas em seu arquivo /etc/apt/sources.list
ativado e até as linhas em /etc/apt/sources.list.d/xenial-partner.list
.
Para uma pista mais clara de onde vem esse arquivo, como você perguntou nos comentários, talvez queira dar uma olhada no link