Eu tive o mesmo problema com aplicativos como o LibreOffice 5 e o terminal e o gedit. Barra de menus estava faltando em ambos os aplicativos. Ocorreu após a atualização do Ubuntu para 16.04 a partir de 14.04 ... usei dois comandos e funcionou para mim ...
AVISO: redefine todas as configurações do compiz.
dconf reset -f /org/compiz/
setsid unity
Use acima de dois comandos e espero que funcione para você também ...