Eu tive um problema semelhante aqui, aconteceu que o Centro de Software nem sequer abriu. Procurei muitas respostas e tentei muitas delas, até que olhei mais de perto para a mensagem de erro e vi que havia um problema com um pacote:
E: Encountered a section with no Package: header
E: Problem with MergeList /var/lib/apt/lists/dl.google.com_linux_chrome_deb_dists_stable_main_i18n_Translation-pt%5fBR
Excluí-lo corrigiu o problema:)