Reinstalar o Windows em uma unidade separada afetará a instalação do Ubuntu de uma só maneira se a instalação for feita corretamente :
O Windows irá reinstalar o seu próprio gerenciador de inicialização sobre o gerenciador de boot Grub do Ubuntu. Isso geralmente fará com que a máquina inicialize diretamente no Windows, sem lhe dar a chance de selecionar o Ubuntu.
Esse problema pode ser corrigido aqui: Como posso reparar o grub? (Como obter o Ubuntu de volta depois de instalar o Windows?)
Para garantir que a instalação seja segura e não apague o Ubuntu, certifique-se de que o Windows nunca toque a unidade D: (se é onde o Ubuntu está instalado). Selecione apenas a instalação da unidade C: e triplique-a para certificar-se de que a unidade D: não esteja formatada como uma unidade de dados ou backup.
Só agora percebo que o texto do ícone da unidade "D:" e "C:" faz com que as faces representem quais unidades estão prontas para o Windows modificar.