Esses são apenas backups de seus arquivos originais que o gedit cria antes de salvar as alterações nos documentos editados.
Como evitar isso?
Em gedit preferências você precisa desabilitar Criar uma cópia de backup do arquivo antes de salvar, e se você quiser salvar automaticamente suas edições automaticamente defina um temporizador com a opção habilitar Salvamento automático arquivos a cada X minutos .
Dessa forma, o ~ desaparecerá e suas últimas alterações serão salvas no arquivo a cada x minutos, caso algo corra mal ou seu computador trave.
As alterações feitas no arquivo serão salvas no próprio arquivo e não em um arquivo temporário.
Por favor, esteja ciente de que se você excluir o conteúdo de um arquivo e salvar automaticamente estiver habilitado, haverá uma chance de que você acabe com um arquivo vazio salvo.