O Okular suporta anotações em PDF.
Para mais informações, consulte aqui
Ou
Usando o vinho, você pode usar o leitor Foxit como explicado aqui . Foxit funciona muito bem usando vinho no Ubuntu
UPDATE 2
A Foxit lançou uma versão linux . Portanto, não é preciso mais vinho. A Foxit tem um bom suporte para anotação.
UPDATE Você também pode usar o qpdfview , que oferece suporte a anotações e anotações.