diff -q some_directory other_directory
Listará as diferenças entre os diretórios com linhas como esta:
Files some_directory/ttt.pdf and other_directory/ttt.pdf differ
Only in other_directory xxxxx.pdf
Only in some_directory xxxTxx.pdf
Se você também quiser ver as diferenças reais, omita o "-q". Se você quer apenas saber quais arquivos estão faltando ou diferentes e também deseja incluir subdiretórios ...
diff -qr some_directory other_directory