Eu tive o mesmo problema. Eu reinstalei todas as dependências usando
sudo apt-get install libboost-math-dev libboost-program-options-dev libboost-random-dev
libboost-test-dev libxml2-dev liblapack-dev libblas-dev libarmadillo-dev
Dentro da pasta do mlpack: execute o seguinte comando
mkdir build
cd build
cmake ../
makes
sudo make install
Depois disso, para executar executáveis, defina o caminho usando este Link ..... Trabalhou para mim.