gerenciamento de comandos alternativos do Ubuntu será útil aqui, eu acho.
É basicamente organizado dessa maneira
generic link(e.g. /usr/bin/java) -> buffer link(e.g. /etc/alternatives/java) -> actual command or executable (e.g. /opt/jdk/java)
Assim, você pode atualizar o link do buffer para que ele aponte para a sua escolha de comando / executável real e ainda usar o link genérico para fazer o trabalho em todos os lugares como antes (supondo que ambos os comandos forneçam a funcionalidade adequada;) .
Aqui é um bom guia para atualizar a JVM de sua escolha através do comando update-alternatives
. Então faça o seguinte
sudo update-alternatives --install "/usr/bin/java" "java" "/opt/local/jdk-xx.xx/bin/java" 1
sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javac" "javac" "/opt/local/jdk-xx.xx/bin/javac" 1
Você pode continuar e atualizar o plug-in do navegador java e o plug-in web-start também, conforme mencionado no guia. Em seguida, escolha o java de sua escolha por
sudo update-alternatives --config java
sudo update-alternatives --config javac