No final do seu .bashrc , você tem estas linhas:
# Added by CCP4 package manager:
source /home/kylekroeck/Public/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh
As linhas que começam com # são ignoradas, elas são apenas comentários que você escreve para que você possa lembrar para que serve cada linha. No entanto, o próximo está procurando pelo arquivo /home/kylekroeck/Public/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh e tenta source dele, essencialmente leia o arquivo e execute quaisquer comandos nele. Como esse arquivo não existe mais, bash está causando um erro.
Tudo o que você precisa fazer é excluir essa linha ou apenas adicionar # no início para transformá-la em um comentário. Depois disso, os erros desaparecerão.