A conversão da pasta /home para NTFS não é sábia nem recomendada e não é possível!
A pasta inicial contém configurações do usuário e dados do usuário. O Ubuntu mantém permissões específicas do usuário para pastas e arquivos. O formato de permissões usado pelo Ubuntu é específico para os formatos ext3 e ext4.
Em outras palavras, o Ubuntu não pode preservar as permissões de acesso a pastas e arquivos em um NTFS ou em qualquer um dos formatos de partição do Windows.
Depois de formatar a partição /home para NTFS e copiar tudo de volta, você não poderá montá-la como /home , pois a partição não atenderá aos requisitos do Ubuntu.
Veja Preciso da Intel Smart Response? ao instalar o Ubuntu? para obter uma solução sobre como você pode vincular suas pastas de dados em outra partição (NTFS) à sua partição inicial. Você precisará reduzir a partição /home e criar uma nova partição NTFS e copiar as pastas de dados, como Documents , Pictures , Music etc. lá.
Espero que isso ajude