1. Como man php
nos diz ...
--no-header
-q Quiet-mode. Suppress HTTP header output (CGI only).
--file file
-f file Parse and execute file
-q
não faz nada no modo php-cli. Como outros apontaram, você precisa de -f
.
2. + x não é necessário.
Reverta com:
chmod -x /var/www/myscript.php
3. whereis
fornecerá todos os locais. Se você quer apenas o binário, use which php
.
$ which php
/usr/bin/php