Eu aconselho você a não usar o EasyBCD, mas sim usar o GRUB2. O GRUB2 detectará tanto o Ubuntu quanto o Windows 7 e lhe dará a opção no momento da inicialização para selecionar o sistema operacional que você deseja iniciar.
Não mexa com a partição do Ubuntu de dentro do Windows. O Windows é muito intolerante em relação a outros sistemas operacionais. Além disso, se a sua partição Ubuntu contiver um sistema de arquivos que NÃO é FAT32 ou NTFS (e este é provavelmente o caso), o Windows não irá reconhecê-lo de qualquer maneira, porque o Windows não pode ler os sistemas de arquivos do tipo Linux.
O Linux pode ler FAT32 e NTFS (e, é claro, os sistemas de arquivos típicos do Linux), portanto, sempre execute operações do sistema de arquivos a partir do Linux.