GTK, GTK + e Qt são kits de ferramentas GUI. Estas são bibliotecas que os desenvolvedores usam para projetar interfaces gráficas, todas em execução no topo do X Server. Estas são coisas que você precisa instalar como dependências. Eles são o Linux "equivalente" ao GDI / GDI + do Windows. Quando um aplicativo usa qualquer um deles, ele sempre terá uma aparência geral.
O GNOME e o KDE são ambientes de desktop. O GNOME usa principalmente o kit de ferramentas GTK +, enquanto o KDE usa principalmente o kit de ferramentas Qt. Existem aplicações projetadas para GNOME ou KDE, como um menu de configurações ou um tocador de música padrão, geralmente no kit de ferramentas apropriado. Esses ambientes de desktop têm um conjunto de utilitários / gerenciadores de janela / especificação de design para criar uma área de trabalho mais unificada. Você pode misturar os dois se tiver vontade, mas pode encontrar problemas ao colidir padrões e aplicativos (que você pode encontrar ocasionalmente em sistemas como o Arch).
O Unity usa muitos dos utilitários do GNOME (Nautilus, Rhythmbox, etc.), então o Unity é mais GNOME que o KDE.