Na minha experiência, depende do programa que você está lançando, e com toda a honestidade, a diferença percebida no tempo de inicialização é provável que apenas em sua cabeça. Por exemplo, o Midori começa imediatamente para mim e o Nautilus às vezes leva um minuto inteiro!
Ele ajudará você a executar os aplicativos que levam muito tempo para iniciar a partir do terminal e ver o que eles estão gerando, já que muitas vezes o programa faz algumas outras coisas antes de ver a janela do aplicativo aparecer. Se o programa demorar um pouco para iniciar a partir do terminal e gerar muitas informações, você saberá que está apenas fazendo algo extra.
Lembre-se também de que pode haver uma mudança no funcionamento do sistema de arquivos que causa o atraso.