Não há como desinstalar depois de executar make install . Você pode tentar executar make install na nova fonte, se não houver uma alteração importante, isso deve funcionar.
Quando você instala a partir das fontes originais, é uma boa idéia usar checkinstall , que pode ser instalado usando:
sudo apt-get install checkinstall
Em seguida, substitua seus comandos make install por sudo checkinstall siga as instruções e ele criará um pacote .deb para você.
Isso facilita a atualização - Basta criar um novo pacote .deb e instalá-lo sempre.
Você pode começar a usar o checkinstall no seu projeto já instalado, e ele começará a monitorar os arquivos instalados em seu sistema a partir de agora.