Oracle trata as liberações de ponto (4.x) como novas versões, não atualizações (4.x.y).
Como tal - por questões de estabilidade, algumas pessoas continuam com, por exemplo, 4.0.x até que o suporte para 4.0 seja retirado, ou bugs suficientes são achatados na nova versões 4.1.x .
A política normal é desinstalar o seu release 4.0 antes de baixar e instalar o release 4.1.
Todas as configurações e máquinas virtuais anteriores são seguras, pois são armazenadas separadamente do pacote real.
Como se trata de uma nova versão, você também precisará atualizar as Adições de Convidado Virtual para cada Máquina Virtual que você possui.