Simples: não há nenhum ;-) A inicialização dupla significa apenas que você irá inicializar (depois que o botão liga / desliga for pressionado e o BIOS mostrar mensagens POST) NÃO seja imediatamente recebido por um sistema operacional, pois você terá dois instalados. Em vez disso, você terá a opção de escolher qual deles iniciar (na verdade, você pode até fazer uma inicialização dupla sem esse menu, mas vamos ignorá-lo por um segundo).
Basicamente, um SO é instalado em uma (ou mais) partição (ões) na (s) unidade (s) física (s) do seu computador. Grosso modo, ele cria uma seção especial no disco, que é o MBR (Master Boot Record) em sistemas BIOS ou uma partição ESP em sistemas EFI, onde instala o carregador de inicialização. De qualquer forma, esses são pequenos arquivos inicializáveis que iniciam o sistema operacional apropriado.
Além disso, este software (no Ubuntu provavelmente GRUB ) fornecerá o menu "choose OS to start". Ele pode detectar outros sistemas operacionais instalados como outras distribuições Linux ou Windows (na verdade, chainloads o bootloader do Windows, mas isso é apenas uma nota lateral).
Para configurar seu PC como este, instale um sistema operacional primeiro ( começando com o Windows é recomendado ) e depois o segundo. Assumindo que o segundo é o Ubuntu, basta selecionar "instalar ao lado do Windows" no instalador e ele localizará o espaço não alocado em um sistema para atribuir ao Ubuntu. Também irá instalar um carregador de inicialização como mencionado anteriormente e irá instruí-lo para procurar uma instalação do Windows. Deve detectá-lo automaticamente. Na inicialização, você pode selecionar qual sistema operacional iniciar.
Bottom-Line: Não há nenhuma diferença real e o Ubuntu deve fazer um bom trabalho ao guiá-lo pelo processo.