Você só deve usar pynotify se estiver usando o Gtk2. Se você estiver usando o Gtk3 (que é o padrão para Rapidamente), você usaria from gi.repository import Notify
.
Quando eu adiciono
import pynotify
e tente executar meu aplicativo e recebo
/usr/lib/python2.7/dist-packages/gobject/constants.py:24: Warning: g_boxed_type_register_static: assertion 'g_type_from_name (name) == 0' failed
import gobject._gobject
/usr/lib/python2.7/dist-packages/gtk-2.0/gtk/__init__.py:40: Warning: specified class size for type 'PyGtkGenericCellRenderer' is smaller than the parent type's 'GtkCellRenderer' class size
from gtk import _gtk
/usr/lib/python2.7/dist-packages/gtk-2.0/gtk/__init__.py:40: Warning: g_type_get_qdata: assertion 'node != NULL' failed
from gtk import _gtk
com outro exemplo, não recebo o erro ...
Você só deve usar pynotify se estiver usando o Gtk2. Se você estiver usando o Gtk3 (que é o padrão para Rapidamente), você usaria from gi.repository import Notify
.