Esses arquivos em que precisamos executar ./configure , make, sudo make install
são arquivos com o código-fonte do aplicativo.
O Synaptic é um software de gerenciamento gráfico para a instalação de pacotes Debian com todas as suas dependências. Esses pacotes debian são pré-compilados e, para simplificar, são apenas arquivos contendo os binários e arquivos de configuração.
A maioria das distribuições Linux modernas tem sistemas semelhantes porque a compilação de cada programa sozinho pode ser parcialmente muito dolorosa.
Para responder à sua pergunta: Não, não há nenhuma opção para dar ao Synaptic um pacote fonte para instalá-lo a partir do código-fonte, você tem que fazer isso manualmente.
Mas , na maioria dos casos você encontrará um outro repositório ou um PPA ou até mesmo um pacote .deb para este software.