Experimente este comando:
find . -empty -type d -delete
O comando find é usado para procurar arquivos / diretórios que correspondam a um critério de pesquisa específico do caminho especificado, neste caso, o diretório atual (daí o . ).
A opção -empty é válida para qualquer arquivo e diretório vazio.
A opção -type d é válida para o tipo arquivo especificado; neste caso, d significa o tipo de arquivo diretório .
A opção -delete é a ação a ser executada e vale para todos os arquivos encontrados na pesquisa.