Para parar o serviço de bluetooth
$ su -
$ service bluetooth stop
Para desativar o serviço de bluetooth na inicialização
# nano /etc/rc.local
adicione esta linha antes de sair 0
rfkill block bluetooth
Para desativar o driver do bluetooth na inicialização
# nano /etc/modprobe.d/blacklist.conf
e adicione esta linha ao blacklist.conf
blacklist btusb
Para cortar a fonte de energia do bluetooth para executar
# nano /etc/bluetooth/main.conf
Alterar
InitiallyPowered = true
Para
InitiallyPowered = false
Fonte: link