Criar arquivos .deb tem (pelo menos) duas vantagens:
Uma é que é muito fácil desinstalá-las usando ferramentas padrão como apt-get ou synaptic.
O outro é que, usando arquivos .deb, o driver AMD é adicionado à lista DKMS. Isso significa que o módulo do kernel dos drivers da AMD é automaticamente reinstalado após cada atualização do kernel. Ao instalar diretamente, acho (corrija-me se estiver errado) que você precisa reinstalar o driver AMD após cada atualização do kernel manualmente.