Existem três perguntas aqui, o que ajuda se você as separar em três perguntas diferentes.
Para seus problemas de transparência, consulte esta pergunta.
Não tenho certeza se a chave Super está sendo ignorada ou se o atalho de teclado não está funcionando. Na versão mais recente do Ubuntu ele foi alterado de Super + D para Ctrl + Alt + D . Você pode alterá-lo de volta nas preferências do teclado.
Em terceiro lugar, o que você está falando, eu acho, é o Dash. Isso é específico do Unity, que não faz parte do Gnome Classic. Se você quiser usar o painel, precisará usar o gerenciador de janelas normal.
Existem outras aplicações que fazem coisas semelhantes. Experimente o Gnome-Do, por exemplo.