Eu tive um problema semelhante que resolvi com bastante facilidade. Embora eu tenha uma placa de vídeo diferente, isso pode funcionar para você.
Eu configurei um arquivo .xprofile
no meu diretório pessoal com o seguinte conteúdo:
xrandr --output LVDS1 --mode 1366x768 --primary
xrandr --output VGA1 --mode 1280x1024 --left-of LVDS1
Eu acho que as linhas são muito auto-explicativas e você pode facilmente modificá-lo para que ele se encaixe na sua situação. Uma maneira gráfica de configurar suas telas usando o XrandR é ArandR
As configurações serão aplicadas quando você fizer login.