Eu acho que esta pode ser uma explicação melhor, se você ainda não encontrou você mesmo.
Abra uma janela de terminal e digite:
cd /usr/share/applications
Agora siga O Passo # 4 desta resposta em diante!
Estou tentando criar um iniciador para o Minecraft, mas para fazer um bom funcionamento, eu preciso ter o OpenJDK Java 7 definido como o aplicativo padrão para abrir o arquivo .jar. Aqui está o problema: quando eu olho para a aba Open With da janela Properties, não há como selecionar o OpenJDK. O que fazer?
Eu acho que esta pode ser uma explicação melhor, se você ainda não encontrou você mesmo.
Abra uma janela de terminal e digite:
cd /usr/share/applications
Agora siga O Passo # 4 desta resposta em diante!
Todas as associações de arquivos são armazenadas no arquivo:
/usr/share/applications/defaults.list
crie um java.desktop para o java em /usr/share/applications/
veja aqui as instruções: link
altere a linha no começo do arquivo
application/x-jar=java.desktop