Não faz sentido executar uma distribuição incorporada em uma estação de trabalho, nem uma distribuição de estação de trabalho em um dispositivo incorporado. Um PC rodando o desktop Ubuntu funcionaria muito bem como uma estação de trabalho para programar seus micro-controladores.
O Ubuntu Software Center possui vários softwares que podem ser iniciados como o Arduino IDE (ambiente de desenvolvimento integrado) ou programas que podem ajudá-lo com a simulação de circuitos e / ou o design da placa de circuito. Eu prefiro synaptic para ver os pacotes disponíveis. Se você encontrar algo na rede que não está disponível através do centro de software ou do synaptic, mas rodando no linux, geralmente é fácil de instalar de qualquer maneira.