O Ubuntu é um sistema operacional de código aberto (gratuito, como em cerveja grátis e de livre acesso), construído no kernel Linux do Debian. O Windows é construído no kernel NT proprietário da Microsoft. Os métodos de programação são diferentes para os kernels separados. Esta é uma descrição muito básica de porque os programas não são geralmente compatíveis entre si.
Há luz no fim do túnel. Você pode tentar usar WINE, que se traduz no backend para você. Você pode ler mais sobre isso neste site: