Eu tive exatamente o mesmo problema.
Abra o terminal e digite o seguinte comando.
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Uma vez instalado, abra o CompizConfig e role a janela até ver o plug-in do Unity com a caixa de seleção marcada próximo a ele. Tenha certeza que você tem o CairoDock aberto. Quando você desmarca a caixa, ela encerra o Unity.
Reinicialize seu sistema a partir do dock e, no prompt de login, clique no ícone Unity e selecione CairoDock.
Espero que seja isso.