O problema é que muitos pacotes de software têm uma dependência do lbgl1-mesa-glx que não é compatível com o xserver-xorg-lts-quantal. Veja os listados por waterloo2005: 0ad (jogo), liquidificador ... Esses são aplicativos que requerem OpenGL.
Eu sou um membro da equipe de mantenedores de freecad no Launchpad e nossos pacotes precisos de FreeCAD não são compatíveis com os pacotes lts-quantal por causa disso. Quando alguém quiser instalá-lo em uma nova instalação do Ubuntu 12.04.2, o gerenciador de pacotes deseja remover toda a pilha lts-quantal!
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Editar: Após alguma pesquisa, acho que isso é causado por um erro de dependência de compilação feito pelos mantenedores do pacote. Nosso pacote freecad tem um build-dep no libgl1-mesa-dev que talvez deva ser alterado para libglew-dev. Eu testarei isso amanhã. Se estou certo, isso deve ser relatado como um bug para cada pacote que "quer ser removido" ...