Eu reorganizaria seu comando um pouco, primeiro removerei o --include
e, em vez disso, coloquei o *.bak
no caminho de origem. Em seguida, você pode adicionar --existing
para copiar apenas os arquivos existentes.
Uma maneira possível de fazer isso (não testada):
rsync -avm --existing /Directory-to-be-backed-up/*.bak /media/USB_stick