Usando Disk Utility
selecione a partição, clique em Editar partição e desmarque a caixa Inicializável
Se você não tem isso instalado, basta fazer sudo apt-get install gnome-disk-utility
Eu acidentalmente configurei uma unidade NTFS com um sinalizador de inicialização durante uma re-instalação recente do Xubuntu 11.10, Como posso desfazer isso sem excluir a partição?
Usando Disk Utility
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Se você não tem isso instalado, basta fazer sudo apt-get install gnome-disk-utility