O pacote FFmpeg que você encontrará nos repositórios do Ubuntu não contém libfaac por alguns motivos parciais de licenciamento. É por isso que você está tendo problemas.
No entanto, você quase certamente não precisa transcodificar seu áudio em seu caso específico (supondo que você só quer que o áudio seja reproduzido com a mesma qualidade do original, e não tente ajustes) porque o fluxo de áudio rmvb provavelmente já está no formato aac, que é o que você precisa.
Então você deve simplesmente substituir em seu script este bit:
%pre%para isso:
%pre%Isso simplesmente copia o fluxo de áudio do arquivo rmvb para o arquivo mp4, durante a conversão do fluxo de vídeo. O arquivo resultante funcionará perfeitamente.
No entanto, se você deseja que suas configurações iniciais funcionem exatamente como foram definidas, e no Ubuntu, você terá que compilar o FFmpeg da fonte para adicionar os codecs que faltam.
Siga este guia para compilar o FFmpeg no Ubuntu: link
Aqui está uma explicação mais autorizada para o problema envolvendo o libfaac: link