Aqui está o tópico oficial do wiki do Ubuntu na desinstalação do WUBI. Se eu entendi sua pergunta corretamente, isso deve funcionar e permitir que você reinstale completamente o Ubuntu. link
Instalei o ubuntu na semana passada no meu computador. A maneira que eu fiz foi criar uma partição no meu disco rígido e, em seguida, usei a instalação do Ubuntu para instalar lá. Depois que fiz isso, reiniciei meu computador e tentei inicializar o Ubuntu, mas não funcionou. Então eu tentei entrar no meu windows 7 boot novamente. No processo de inicialização recebi a mensagem de que o meu computador travou ou teve algum tipo de erro, então escolhi a opção de recuperar meu sistema a partir de um ponto de reunião, depois que o fiz; a partição que criei desapareceu. Então eu liguei meu computador e liguei para ver se a tela de inicialização dupla tinha sumido, mas ainda estava lá. Depois disso eu tentei muito diferente era apagar o dual boot.
Eu também tentei instalar o Ubuntu novamente, mas o instalador não está me deixando fazer isso porque o arquivo do Wubi ainda está no meu sistema. Eu gostaria de saber se alguns podem me ajudar com isso, então eu posso apagar esses arquivos e instalar o Ubuntu novamente no meu computador.
Eu tenho o Windows 7 de 64 bits