Não, supondo que não haja erros durante a operação de movimentação ou redimensionamento, não há diferença entre a partição original e a modificada. É apenas copiar dados digitais de um lugar para outro, não há degradação de dados como se você tivesse um videoteipe analógico ou algo do tipo.
É possível que outras coisas que se referem aos locais das partições, como os carregadores de boot, possam ser afetadas pela alteração, caso não sejam atualizadas corretamente.