Rapidamente 12.08.1 não "apagou" os argumentos da linha de comando do seu programa. Apenas os moveu de bin/project_name para project_name/__init__.py . Lá você encontrará a função parse_options , que pode editar ao seu gosto.
Segunda pergunta: Eu não posso falar pelos desenvolvedores rapidamente, mas meu palpite seria que é mais fácil atualizar um projeto, se você mover o código que tem que mudar em cada projeto longe do código que provavelmente não irá mudar. / p>
Terceiro ponto (embora você não tenha perguntado ...): Rapidamente é apenas uma ferramenta para ajudá-lo a codificar. Se você quiser alterar o código dentro de um bloco DO NOT EDIT THIS FILE , vá em frente e edite-o! Nada horrível vai acontecer. Não há mágica envolvida, apenas certifique-se de verificar (com bzr diff ou similar) que parte do seu código mudou antes de você comprometer seu projeto.