Você primeiro terá que configurar a partição NTFS para ser montada automaticamente (veja esta resposta ), então você pode configurar os links apropriados como @mikewever sugerido.
Além disso, talvez seja necessário atualizar as entradas no arquivo ~/.config/user-dirs.dirs
para que ele aplique um usuário específico ou /etc/xdg/user-dirs.conf
para todos os usuários.
No meu caso (no Ubuntu 12.10) eu movi minha pasta Documents
para um local de backup antes de substituí-la por um link para uma pasta em uma partição NTFS. Mas depois o Nautilus, o LibreOffice, etc. ainda padronizaram a pasta antiga até que eu atualizei o arquivo user-dirs.dirs
.
Para mais detalhes, veja esta resposta .