Qual é a permissão da pasta glassfish e netbeans no opt? Você pode verificar isso com:
ls -l /opt/
Dependendo do resultado, talvez seja necessário alterar a propriedade da pasta para o seu nome de usuário. Você pode fazer isso com os seguintes comandos: (substitua username por seu nome de usuário e pressione tab para completar automaticamente as versões do software)
sudo chown username.users /opt/glassfish-<TAB>
sudo chown username.users /opt/netbeans-<TAB>