O Python 2 e o 3 vivem em mundos diferentes, eles têm seus próprios ambientes e pacotes. Neste caso, se você só precisa de um pacote globalmente instalado disponível no ambiente do sistema Python 3, você pode usar o apt para instalar o python3-nltk :
sudo apt install python3-nltk
Desenvolvendo coisas contra o sistema O ambiente Python é um pouco arriscado. Conforme você atualiza para versões mais recentes do Ubuntu, esses pacotes também serão atualizados. Isso pode causar rupturas. Isso também pode significar que você está retido em um pacote mais antigo de algo.
Para um desenvolvimento mais localizado, eu realmente consideraria investigar o Virtualenv, o pipenv ou uma das inúmeras outras técnicas de separação que o Python tem à sua disposição.
As instruções oficiais de instalação permitem que você instale o pacote com pip (ou pip3) no ambiente do sistema. Isso provavelmente funcionará, mas poderá ter ramificações sérias no sistema para o qual você está fazendo. O próprio Ubuntu precisa de um ambiente Python, então é melhor não mexer com ele fora das coisas que foram empacotadas adequadamente.
Além disso, ele passa o sinalizador -U que atualizará o pacote e qualquer coisa da qual ele dependa para a última versão disponível do PyPI. Ótimo para obter as melhores e mais recentes, mas o que acontece quando você atualiza inadvertidamente algo que o Ubuntu requer para uma versão incompatível?
Se você ler sudo pip install ... na documentação, o autor pode não entender os pontos mais específicos do gerenciamento de pacotes do sistema. Sério, isso pode arruinar uma instalação do Ubuntu.