Você pode instalar o software diretamente de seu site, que geralmente é a única opção viável, como quando a versão do repositório está desatualizada e você não tem motivos para confiar no PPA. Isto é, no entanto, desaconselhado pelo Debian (no qual o Ubuntu é baseado) porque você não pode desinstalar o software com o dpkg / apt e por causa do risco de conflitos de pacotes.
Quanto à sua pergunta sobre porque os pacotes se tornam desatualizados: o empacotamento para Debian / Ubuntu é difícil. Para obter um pacote aceito, você tem que ser capaz de construir o pacote a partir do código-fonte em condições controladas, usando apenas bibliotecas que foram previamente empacotadas para o Debian / Ubuntu sob estas condições. Você também precisa cumprir uma série de outras políticas. Pode ser preciso muito trabalho para manipular um software complexo para atender a esses requisitos, e novas versões de software geram novos desafios de empacotamento.
Além disso, pode haver apenas um mantenedor para um determinado pacote; se por algum motivo deixarem de manter o pacote, as atualizações param.
Por fim, vou ter que fazer eco a Marc ao dizer que essa é uma avaliação que varia de caso para caso, dependendo do que você precisa de um determinado pacote.