Isso é completamente normal. Desde que você ativou o PPA gnome3-team , você tem a última versão do Nautilus que segue o GNOME 3 diretrizes de interface humana (mais informações aqui e aqui ).
Para acessar o menu de aplicativos , clique no nome do aplicativo na barra superior.
Você verá o mesmo comportamento com outros softwares do GNOME 3 como Epiphany (Web), Empathy ou Boxes, por exemplo.
Eu sugiro que você aprenda a usar esta nova versão do Nautilus. Mas se você não aguentar mais, pode voltar para a versão anterior removendo o PPA gnome3-team (tenha cuidado, isso afetará todos os outros softwares fornecidos pelo PPA):
sudo apt-get install ppa-purge
sudo ppa-purge ppa:<nom_du_dépôt>