Você precisa configurar seus hosts virtuais. No diretório /etc/apache2/sites-available/ você pode encontrar um exemplo de arquivos host virtuais. Então os passos são:
1. Crie um arquivo host virtual
sudo nano /etc/apache2/sites-available/site.com.conf
e defina um conteúdo
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin [email protected]
ServerName site.com
ServerAlias www.site.com
DocumentRoot /var/www/site1/html
</VirtualHost>
É um exemplo simples. Você pode ler manuais, para obter mais. Agora, basta levar em conta que você precisa configurar um arquivo separado para cada site que deseja executar.
2. Ative seu VH
Quando você terminou sua configuração VH, você precisa habilitar seu host pelo comando:
sudo a2ensite site.com.conf
3. Recarregue o Apache
Para aplicar o novo host, você precisa recarregar o Apache
sudo service apache2 reload
Agora deve funcionar.