Nenhuma ideia do motivo pelo qual isso surgiu do que você descreveu. Mas se você quiser se livrar da entrada inutilizável do Windows, você pode reinstalar o grub.
Basta iniciar o Ubuntu, abrir uma janela de texto de comando e digitar
sudo update-grub
Isso redimensiona as partições para outro sistema operacional válido e adiciona-as à lista. Isso removeria uma partição do Windows não existente. Em seguida, instale-o novamente, por exemplo, no primeiro ou único disco rígido /dev/sda
(adapte conforme necessário).
sudo grub-install /dev/sda
Isto substitui os arquivos atuais do grub com os atualizados.